Onbeşinci yüzyılın başlarında, Doğu Türkistan ve eski Uygur bölgesinde, Çağatay Hanedanı hüküm sürüyordu. Bunlar Müslümanlığı benimsemiş ve Müslüman olmayan Oyrat ve Kalmuklarla savaşmakta, cihad etmekteydiler.

Çağatayların hükümdarı Veyiz Han,1418-1428 yılları arasında bir yandan iktidarı sürdürüyor, bir yandan da sulama kanalları açarak tarımı geliştirmeye çalışıyordu. Kaşgar, Yarkent ve Hotan çevresine tamamen hâkimdi.

Veyis Han 1429'da öldü ve oğulları Esen Buğa ile Yunus Beğ arasında taht kavgası başladı. Emir Doğlat Seyyid Ali, Esen Buğa'yı destekledi ve Esen Buğa tahta çıktı. Bilgin ve edib olan kardeşi Yunus Beğ ise Timuroğulları'ndan Uluğ Beğ'e sığındı.

Yunus Beğ, tahttan vazgeçmemişti ve ele geçirmek için fırsat kolluyordu. Esen Buğa 1462'de ölünce aradığı fırsatı buldu ve Timurlu Ebu Said han' ın desteği ile bütün batı Çağatay bölgesini ele geçirdi. Ama Kaşgar, Yarkent ve Hotan civarı, şeklen Çağatay Hanına bağlı olan Türk Doğlat ailesinin elinde kaldı.

Timurlu Ebu Said ölünce oğulları birbirine düştüler. Bu kavgalara Yunus Han da karıştı. 1484'de Taşkent'i Timurlulardan alarak başkentini Tufan'dan buraya nakletti 1486'da ölen Yunus Han'ın yerine oğlu Ahmet han geçti. Oyratlara ve Kalmuklara karşı başarılı seferler yapan Ahmed Han, Kaşgar ve Yenihisar'ı ülkesine kattı. Kendisi Aksu ve Turfan'da, yeni Eski Uygur bölgesinde hüküm sürüyor, kardeşi Mahmud Han ise Taşkent'te oturuyor, ülkenin batı bölgesini idare ediyordu.

Bu sırada, Mahmud Han'a bağlı ve onun hizmetinde bulunan Muhammed Şıbanî Türkistan'da hanlığını ilân etti ve Semerkant'a girdi. Bunun üzerine Ahmed Han ve Mahmud Han kardeşler kuvvetlerini birleştirerek Şıbanî'nin üzerine yürüdüler. Fakat önceki bölümde de gördüğümüz gibi bu savaşta Şibanî galip geldi, Ahmed ve Mahmud Han kardeşleri esir aldı. Şıbanî., Taşkent ve Sayram'ı ülkesine kattıktan sonra esir kardeşleri serbest bıraktı. Ahmed Han 1503'te öldü ve yerine oğlu Mansur geçti. Mansur,Uygur Hanı olarak tanınıyor, Kaşgar, Yarkent ve Hokand'ı kardeşi Said Han idare ediyordu. İki kardeş İslâmiyeti yaymak için çaba harcadılar.

Uygur (Turfan) Hanı Mansur, 1543'te öldükten sonra taht kavgalara başladı ve Çin de bu kargaşalığı körükledi. Fakat, zayıflayarak da olsa, Turfan Hanlığı veya Sultanlığı uzun zaman devam etti.

Hanlığın Kaşgar koluna hükmeden Said Han'dan sonra, yerine oğlu Abdürreşit geçti (1565). Fakat, Doğlatların, Kırgız-Kazakların saldırılarına uğrayan hanlık gittikçe küçülüyordu ve 16. yüzyılın sonunda Kaşgar'dan ibaret kalmıştı. Bu bölge de Mançu sülalesi zamanında (1644-1911) Çin'e bağlandı. Ama ayaklanmalar devam etti.

1866'da Yakub Bey'in başlattığı isyan, Türkistan'a bağımsızlık kazandırmak amacına yönelikti. Yakub Bey, "Atalık Gazi" unvanı ile anılır. Çin'e bağımlılığı reddederek kendini Kaşgar Hanı ilan etmişti. Doğudan Çinliler, kuzeyden Ruslar, güneyden İngilizler Doğu Türkistan'ı tehdit ediyordu.

Yakub Han, bu devletler kendisine her türlü vaadde bulunur, bir yandan da ülkesini işgal etmek için fırsat kollarlarken, asıl bağlanacağı devletin Osmanlı İmparatorluğu olacağını biliyordu ve 1870'te elçiler göndererek Sultan Abdülaziz'e bağlılığını bildirdi. Osmanlılar Kaşgar'a askerî öğretmenler ve bir miktar silâh göndermekten başka bir yardım yapamadılar. Çünkü kendi durumları da iyi değildi.

Yakub Han, 1877'de öldü ve direniş kırıldı. Çinliler bu tarihte Kaşgar-Turfan (Çağatay) Hanlığı'nı topraklarına kattılar ve bu bölgeye "Yeni Fethedilmiş Ülke" anlamına gelen Sinkiang (Sincan) adını verdiler.